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    隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA技術(shù)顯著的優(yōu)點(diǎn)
          
     RAPD,即隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA技術(shù),是由美國(guó)科學(xué)家Wiliams和Welsh于1990年分別研究提出的,又稱任意引物PCR。它的應(yīng)用是基于這樣的一個(gè)推理:對(duì)于同一模板DNA,用同一引物擴(kuò)增既可能得到相同的帶譜(模板基因組間可能具有同源性),也可能得到不同的帶譜。僅在某一特定模板中出現(xiàn)的條帶就可作為該模板的分子標(biāo)記。事實(shí)上,不同基因組DNA總是一定差異的,所以用RAPD就可以進(jìn)行分子標(biāo)記研究。理論上講,在一定的擴(kuò)增條件下,擴(kuò)增的條帶數(shù)取決于基因組的復(fù)雜性。對(duì)特定的引物,復(fù)雜性越高的基因組所產(chǎn)生的擴(kuò)增條帶數(shù)也越多。90年代前期RAPD技術(shù)得到廣泛的應(yīng)用,幾乎所有的作物都有這方面的研究報(bào)告。但隨著研究的深入,人們發(fā)現(xiàn)該技術(shù)存在一定的缺陷,并對(duì)此作了一些探索。RAPD技術(shù)目前運(yùn)用相當(dāng)廣泛,幾乎滲透于整個(gè)基因組研究的各個(gè)方面,這與它所具有的眾多優(yōu)勢(shì)是分不開的。   
        RAPD顯著的優(yōu)點(diǎn):在對(duì)基因組序列一無所知的情況下分析微生物DNA的多態(tài)性;方法簡(jiǎn)單快速和高度的重復(fù)性使其很快普及應(yīng)用。
        其原理為:采用核苷酸序列的隨機(jī)引物進(jìn)行基因組DNA擴(kuò)增,非特異性引物可以結(jié)合在模板DNA的多個(gè)位點(diǎn),產(chǎn)生多個(gè)PCR產(chǎn)物,采用瓊脂糖凝膠電泳將產(chǎn)物分離開,將每株菌在每條引物下擴(kuò)增后產(chǎn)生的圖譜合成為針對(duì)一株菌的單一圖譜,再通過軟件進(jìn)行分析。
        方法上基本分三個(gè)步驟:①基因組DNA的制備;②PCR引物的選擇和AP-PCR;③聚丙烯酰胺凝膠電泳或瓊脂糖凝膠電泳分離AP-PCR產(chǎn)物。
        (1)模板DNA的制備  RAPD只需要極少量的DNA作模板,對(duì)DNA提取的質(zhì)量要求也不高,一般通過酚/氯仿提取即可。模板量從25pg~l0ng均可以觀察到多態(tài)性帶。這為那些還無法離體培養(yǎng)大量繁殖的物種的分子標(biāo)記提供了可能。
        (2)隨機(jī)引物的選擇  研究物種不同,對(duì)引物并無要求。根據(jù)生產(chǎn)廠家、(G+C)含量不同等分成多個(gè)序列。高(G+C)含量的引物擴(kuò)增譜帶是其他引物的2倍多,但多態(tài)性的分子標(biāo)記結(jié)果是一樣的。
        (3)影響AP--PCR的關(guān)鍵技術(shù)因素
        ①PCR的退火溫度可能影響帶譜的特異性和重復(fù)性,但其影響程度取決于引物的長(zhǎng)度。引物長(zhǎng)時(shí)影響不大,可使用高溫退火;引物短時(shí)影響大,因而退火溫度要低,以保證引物與模板的結(jié)合。②模板的濃度對(duì)PCR產(chǎn)物有影響,DNA的模板濃度以30pg~7.5ng為宜,10pg是低限。③AP-PCR引物不需特異選擇,尤其當(dāng)用于種的鑒定時(shí),但不同序列的引物擴(kuò)增的PCR多態(tài)性不同,尤其是種或株特異性的DNA片段。
      RAPD技術(shù)簡(jiǎn)便易行、省時(shí)省力,不需要RFLP分析的預(yù)備性工作:如克隆的制備、同位素標(biāo)記、Southern印記反應(yīng)及分子雜交。RAPD易于程序化,利用一套隨機(jī)引物可得到大量的分子標(biāo)記,并可借助于計(jì)算機(jī)系統(tǒng)進(jìn)行分析;⑤RAPD分析所需的DNA樣品量極少,僅為RFLP的1ö1000-1ö200,這對(duì)于生物早期取樣鑒定或在DNA受限制的情況下是十分有利的。


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